高壓蒸汽滅菌雖然具有滅菌速度快、效果可靠、溫度高、穿透力強等優點，但如果使用不當，亦可導致滅菌的失敗。
一高壓滅菌器滅菌器時間控制：
一般而言，滅菌溫度越低，高壓滅菌器需要的滅菌時間越長；滅菌溫度越高，高壓滅菌器需要的滅菌時間越短。但是壓力蒸汽滅菌的時間，要從高壓滅菌器柜室內達到滅菌要求溫度時算起，直至滅菌完成為止。 高壓滅菌器總時間包括：熱力穿透時間，即從消毒柜內達到滅菌溫度至消毒物品中心部位亦達到滅菌溫度所需時間。時間的長短取決于消毒物品的性質、包裝的大小,放置位置和高壓鍋內空氣排空程度和滅菌器的種類。消毒維持時間，即殺滅微生物所需的時間，一般用殺滅脂肪嗜熱桿菌芽胞所需時間來表示。在115℃時需30分鐘，121℃時需12分鐘，132℃時需2分鐘。 安全時間，一般為維持時間的一半，其長短視消毒物品而定。對易導熱的金屬器材的滅菌，不需要安全時間。
二 高壓滅菌器合理使用：
1、消毒物品的初步處理
清除污染前、后物品的盛器和運送工具應嚴格區分，并有明顯標志，以防交叉感染； 針對接觸過病原微生物的醫療器械、被單、衣物等均應先用化學消毒劑進行消毒，然后按照常規清洗； 如果是接觸過傳染病房用后的各類物品，要嚴格把關，先嚴密消毒、再清洗、消毒。常規清洗時，先用洗滌劑溶液浸泡擦洗，去除物品上的油污，血垢等污物，然后用流水沖凈。對于有軸節、齒槽和縫隙等器械和其它物品，應盡可能張開或拆卸，進行徹底洗刷。洗滌后的物品應擦干，按各臨床需要分類包裝，以免再污染。 2、消毒物品的包裝要采用雙層包布白色棉布并且盛裝容器選用要合適
新包布應先洗滌去漿后再使用。物品包裝用線繩捆扎，以不松動散開為宜，不宜過緊。包的體積不應超過火火公陰。使用容器盛裝時，選用既可阻擋外界微生物侵入，又有較好的蒸汽穿透性。像特制的注射器滅菌盒、裝敷料的貯槽等。民用鋁盒因蒸汽難以 進入，而盒內的空氣又不易排出，按常規滅菌常不能達到滅菌效果。試驗對比表明它的污染率大大高于醫用鋁盒。所以不要使用民用器械滅菌。
3、消毒物品裝放應合理，過多或放置不當都可影響滅菌效果
高壓滅菌器消毒鍋內物品不能過擠，不超過鍋內容量。盡量將同類物品裝一鍋內滅菌。若有不同類物品裝放一起，應以量難達到滅菌物品所需的溫度和時間為準。物品裝放時，上下左右均應交叉錯開，留出縫隙，使蒸汽容易穿透。大消毒包應立著放上層，小包放下層大搪瓷盒和貯槽也應立著放布類和金屬類物品同時滅菌，應將金屬類物品包放在下層，使兩者受熱基本一致，并防金屬物品滅菌中產生的冷凝水弄濕包布。
4、使用高壓蒸汽消毒鍋時，最關鍵是將鍋內空氣排盡
如高壓滅菌器鍋內有空氣，則氣壓針所指的壓強不是飽和蒸汽產生的壓強。相同的壓強，混有空氣的蒸汽其溫度低于飽和蒸汽所產生的溫度。如果壓力未降到0時，打開高壓滅菌器排氣閥，就會因高壓滅菌器鍋內壓力突然下降，使容器內的物品由于內外壓力不平衡而沖出。
5、滅菌時間
熱力穿透時間，即從消毒柜內達到滅菌溫度至消毒物品中心部位亦達到滅菌溫度所需時間。時間的長短取決于消毒物品的性質、包裝的大小，放置位置和高壓鍋內空氣排空程度和滅菌器的種類。消毒維持時間，即殺滅微生物所需的時間，一般用殺滅脂肪嗜熱桿菌芽胞所需時間來表示。在115℃時需30分鐘，121℃時需12分鐘，132℃時需2分鐘。安全時間，一般為維持時間的一半，其長短視消毒物品而定。對易導熱的金屬器材的滅菌，高壓滅菌器不需要安全時間。
滅菌后消毒物品干燥，指示劑達到滅菌要求時即可出鍋
取無菌物品時，要嚴格無菌操作，開蓋物品先將蓋蓋好，貯槽關閉好通氣孔。物品應貯放在離地面食，離頂不少于食，離墻反‘處，以減少來自地面、屋頂與墻壁的污染。同時應分類放置、順序發放取用。超過有效期炎熱潮濕季節一般不超過七天、寒冷干燥季節可延長至天的物品應停止發放。
7、防止超熱蒸汽
超熱蒸汽溫度雖高，但像空氣一樣，遇到消毒物品時不能凝成水，不能釋放潛熱，所以對滅菌不利。防止超熱的辦法是使用外源蒸汽滅器時，不要使夾層的溫度高于消毒室的溫度，兩者應相近不要使壓力過高的蒸汽進入消毒室內，吸水物品滅菌前不應過分干燥。高壓滅菌器滅菌時不要用壓力高的蒸汽加熱到要求溫度，然后再降壓力。
8、注意安全
每次滅菌前應檢查高壓滅菌器是否處于良好的工作狀態，要特別留意安全閥是否良好。高壓滅菌器消毒后減壓不要過猛過快，等壓力表回位時，方可以打開高壓滅菌器鍋門。如果高壓滅菌器消毒鍋內是瓶裝溶液，且突然開鍋，則玻璃驟然遇到冷空氣易發生爆裂，必須注意如果突然把鍋門開得太大，冷空氣大量進人，易使包布周圍蒸汽凝成水點而堵塞包布孔眼，阻礙包布內蒸汽排出，而使物品潮濕。