高壓滅菌器的原理是：在密閉的滅菌器內，其中的蒸汽不能外溢，壓力不斷上升，使水的沸點不斷提高，從而鍋內溫度也隨之增加。在0.1MPa的壓力下，鍋內溫度達121℃。在此蒸汽溫度下，可以很快殺死各種細菌及其高度耐熱的芽孢。 

注意:完全排除鍋內空氣，使鍋內全部是水蒸氣，滅菌才能徹底。高壓滅菌放氣有幾種不同的做法，但目的都是要排凈空氣，使鍋內均勻升溫，保證滅菌徹底。常用方法是：關閉放氣閥，通電后，待壓力上升到0.05MPa時，打開放氣閥，放出空氣，待壓力表指針歸零后，再關閉放氣閥。關閥再通電后，壓力表上升達到0.1MPa時,開始計時，維持壓力0.1～0.15MPa 20分鐘。 
到達保壓時間后，即可切斷電源，在壓力降到0.5MPa，可緩慢放出蒸氣，應注意不要使壓力降低太快，以致引起激烈的減壓沸騰，使容器中的液體四溢。當壓力降到零后，才能開蓋，取出培養基，擺在平臺上，以待冷凝。不可久不放氣，引起培養基成分變化，以至培養基無法擺斜面 。一旦放置過久，由于鍋爐內有負壓，蓋子打不開，只要將放氣閥打開，大氣壓入，內外壓力平衡，蓋子便易打開了。 
對高壓滅菌后不變質的物品，如無菌水、栽培介質、接種用具，可以延長滅菌時間或提高壓力。而培養基要嚴格遵守保壓